５０多名总统府警卫队员在团长陈可钰、营长叶挺、薛岳、卫士队队长姚观顺等人的带领下，对敌人的围攻，展开了顽强的反击，多次击退叛军的轮番进攻。上午１０时左右，警卫队伤亡过多，被迫放弃粤秀楼。叛军放火焚烧粤秀楼，孙中山的著作手稿及珍贵藏书，都被大火吞没。
警卫队为了吸引敌人的火力，掩护孙中山脱险，同敌人激战，到下午３时，叛军仍然无法攻克总统府。４时，叶举请广州卫戍司令魏邦平派出军使马毓藩与警卫队团长陈可钰讲和。正在谈判间，叛军乘警卫队毫无戒备，不顾信义地冲开总统府前面的两层铁门，一哄而进，大肆抢掠总统府的枪弹、财物。
警卫队只好撤退出总统府，为掩护孙中山而留守在总统府的宋庆龄，也在叶挺和孙中山的副官马湘、黄惠龙等人的护送下，脱离险境。
孙中山脱险后，率领永丰、永翔、楚豫、豫章、同安、广玉、宝璧等７舰向大沙头、白云山、沙河、观音山、五层楼等处叛军据点发炮轰击。叛军巡河兵舰也向军舰炮击，静谧的白鹅潭，硝烟弥漫、恶浪滔天。双方激战多时，孙中山才因陆上没有支援，只好率舰退回黄埔。
陈炯明见武力威胁未逞，便指使亲信利用省议会名义，强迫各社团，联名电促孙中山下野。他又致电伍廷芳：“切劝孙公，敝屣尊号，示天下无私。”
伍廷芳不为所动，以总统府外交总长的身份，照会驻粤各国领事，严守中立，勿助叛军。
７月１日，陈炯明派钟荣光持函到永丰舰虚伪地向孙中山表示：“国事至此，痛心何极！炯虽下野，万难辞咎”。“惟念十年患难相从，此心未敢丝毫有负钧座。”但他最后仍要孙中山下野，离开广州。
孙中山对陈炯明严词痛斥。
陈炯明不惜重金，诱贿海军，以分化拥护孙中山的海军力量。心怀异志的海军司令温树德在陈炯明的诱迫下，秘密地与叛军签订了议和条件。他在７月８日晚接受了陈炯明的２６万元贿赂后，擅自率领海圻、海琛、肇和三大舰息灯起锚，离开黄埔，驶出莲花山河面。
叛军以为三大舰离开黄埔后，孙中山的座舰永丰舰等就完全暴露在鱼珠炮台的火力监视之下，黄埔后方的海心岗水深仅有６尺，军舰难以通过，后路已绝。鱼珠炮台封锁前路，永丰舰等或困死于黄埔，或葬身炮火之中。
但孙中山早有准备，他事先派人测得新的航道，永丰舰等从容地摆脱敌人炮火封锁，移碇新造村河面与马伯麟驻守的长洲要塞互为犄角，陈炯明谋害孙中山的阴谋再次破产。
不料，海军陆战队司令孙祥夫率部反戈，７月９日长洲炮台为敌人占据，停泊在新造河面的永丰舰等，顿失屏障，处境险恶。
孙中山于１０日拂晓，率永丰、楚豫、豫章、广玉、宝壁等舰，开足马力，驶向白鹅潭。沿途遭到叛军猛烈的炮击，永丰舰连中６弹。孙中山命令各舰还击，迅速压制叛军的炮火，舰队终于冒着纷飞的炮火，穿过叛军的层层封锁，驶入白鹅潭。
白鹅潭紧连沙面租界，叛军不敢向舰队开炮。但英国驻粤海关税务司却派人到永丰舰，以白鹅潭为通商港口和毗邻沙面租界为借口，无理要求孙中山撤离白鹅潭。孙中山严词痛斥：“此为我之领土，我可往来自由，决不受无理之干涉。”
陈炯明再次图谋谋害孙中山，派人在永丰舰下布下水雷，幸好潮水退落，永丰舰刚刚掉转船头，未造成伤亡。
陈炯明一计不成，又设一计，他派人在江门装修钢板小轮船３２艘，招募敢死队３００名，偷袭舰队。又计划贿买孙中山舰队士兵，发炮轰击沙面租界，造成纠纷，嫁祸于孙中山。
孙中山曾在陈炯明叛乱的第３天电令李烈钧、许崇清等北伐军回师广东，讨平叛逆。６月２３日，北伐军将领召开军事会议，决定迅速回粤靖难。
７月１０日，双方展开正面交锋。由于叛军防御工事十分坚固，双方鏖战多日，成相持局面。７月１７日、１８日，北伐军向翁源展开猛烈进攻，叛军虽然死命防守，终究抵挡不住北伐军的锐利攻势。
陈炯明调动叛军多部增援翁源。两军在翁源苦战多日，直到７月２６日，叛军锐气渐挫，全线开始向韶关退却。北伐军一直追击逼近马坝车站和韶关车站。不料，投敌的粤军一师梁鸿楷部于２８日赶来，与连续苦战的北伐军作战。北伐军已疲惫不堪，遂退回火山一线，在以后的几天内，继续后退。
８月３日，北伐军在南雄召开军事会议，决定分东西两路撤退。许崇清、李福林等部经江西入福建，李烈钧、李明扬、赖世璜等部经湘南进广西，继续讨逆。
８月９日，坚守在白鹅潭的孙中山得知北伐军回师失利，他已是孤军无援，决定离粤赴沪。下午３时，他乘英舰“摩轩号”到香港，次日，改坐“俄国皇后号”赴沪。
陈炯明对与孙中山有联系的国民党人，下令“斩草除根”。于是广州叛军，对国民党党员，大行屠杀，凡与国民党稍有关系者，格杀勿论。李烈钧、许崇清、汪精卫、胡汉民、伍朝枢等在广州的居处财产，也被叛军洗劫殆尽。孙中山的家乡香山也遭叛军洗劫。叛军在香山的残暴凶淫，有史未见。
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