1399年朱棣发动靖难之役，于1402年夺得帝位，于1403年改北平为京城。1406年（永乐四年），开始筹划迁都京城，并在燕王府基址上营建西内。次年西内落成。1409年在昌平天寿山营建寿陵。1416年（永乐十四年）起，开始摹仿南京皇宫营建北京宫殿。1420年，建成紫禁城宫殿、太庙、太社稷、万岁山、太液池、十王府、皇太孙府、五府六部衙门、钟鼓楼，同时将南城墙南移0.8公里，以修建皇城。1421年（永乐十九年）正式迁都北京。此后又在北京南郊修建了天地坛和山川先农坛。
1436年至1445年，明英宗又对北京城进行了第二次增建，主要工程包括：将城墙内侧用砖包砌；开挖太液池南海；建九门城楼、瓮城和箭楼；城池四角建角楼；城门外各立牌坊一座；护城河上的木桥全部改为石桥，桥下设水闸，河岸用砖石建造驳岸。整修之后的京城周长45里，形成了极其坚固的城防体系。在京城远郊建设了皇陵以及昌平城、拱极城和内长城等防御设施。
北京城建成后，曾多次面临蒙古瓦剌部的入侵，1476年（成化十二年）提出在京城外加筑外城的建议。1550年（嘉靖二十九年）开始修筑前三门外的关厢城（三座独立于城门之外的小城），但由于需要拆毁的店铺民房甚多，民情汹惧，工程不久即停止。1553年（嘉靖三十二年）又决定利用元大都土城遗址，四面环绕修筑京城外郭城。最初规划的外城长七十里，东西十七里，南北十八里，设城门十一座、敌台一百七十六座，西直门外和通惠河设置水闸两处，其他低洼地带设置水关八处。由于工期浩大，在严嵩的建议下改为先修筑南面，将正阳门外的大片繁华市区包入，得到嘉靖帝的许可。后因用兵频繁，再加上1557年紫禁城大火灾后将财力物力集中于宫殿的重建，因此外城一直没有再筑。1564年增筑外城各城门的瓮城。嘉靖初年还在四郊新建了地坛、日坛、月坛。由此形成的北京城布局此后一直延续了近400年。
清朝基本沿袭明朝北京城的格局，但裁撤了皇城的设置，将明代皇城内的大量内廷供奉机构改为民居，同时将内城的大量衙署、府第、仓库、草厂也改为民居。同时将内城改为八旗居住区，令汉人迁往外城居住。清朝还在北京城内修建了大量黄教寺庙、王府，并在西郊修建了三山五园等皇家园林区。
1911年清朝灭亡后，对北京城池进行改建，为改善交通和修筑环城铁路，先后拆除了正阳门、朝阳门、宣武门、东直门、安定门的瓮城，皇城城墙和东安门。1924年在内城城墙上新开和平门，1937年开辟启明门（建国门）和长安门（复兴门）（这两个其实是豁口）。1949年之后，对北京城池进行了大规模的拆除工作。朝鲜战争期间，为便于疏散民众，在内城城墙上增开了东四十条、小街、新街口等豁口。外城城墙、城门和角楼于1951年至1958年拆除。皇城的中华门、长安左门、长安右门、地安门于1950年代拆除。内城城门和城墙先后于1965年至1969年拆除。内城护城河的东西南三面也加盖改为暗沟，成为城市下水道系统的一部分。
京城分四重，即外城、内城、皇城、宫城。城各有门，有“内九外七皇城四”之说。
内城又称“京城”、“大城”。城墙高12至15米，底厚20米﹐顶厚16米，上有女墙。有城门九座，角楼四座，水门三处，敌台一百七十二座，雉堞垛口11038个。城外有宽30-60米的护城河。城有九门：正阳门（前门）
崇文门（哈德门）
宣武门（顺治门）
阜成门（平则门）
西直门德胜门安定门东直门朝阳门（齐化门）
外城1553年（明朝嘉靖三十二年）间增筑。又称“国城”、“外郭”。城墙长28里，高7.5米至8米，底宽约12米，顶宽约9米。有七门：永定门左安门右安门广渠门（沙窝门）
广安门（彰义门）
东便门西便门皇城长18里，有六门：大明门（1644年，清顺治元年改名为大清门，辛亥革命後，1912年改名为中华门。为扩建天安门广场，在前苏联专家的建议下1954年被拆除）
长安左门长安右门东安门西安门厚载门（地安门）
宫城即紫禁城。城墙周长3.4公里，有六门：承天之门（天安门）
端门午门玄武门（神武门）
东华门西华门4历史变迁古代，相传黄帝曾率本部落和炎帝部落在现在北京附近的涿鹿打败九黎部落，杀死了他们的酋长蚩尤，并建立部邑。到了黄帝的第三代，额项曾到幽陵祭枢，幽陵或幽州即北京地区的总称，到帝尧时代才建立幽都，幽都即古代北京。
公元前一一二二年周武王灭商后，封帝尧后代于蓟，封周宗室召公于北燕；后来燕候吞并了蓟，就以蓟为中心，建立自己的国家。所有从西周到春秋时代，北京都一直叫蓟城。
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