３月１日，国民党上海执行部在上海法租界环龙路４４号正式办公。执行部内主要设立组织、宣传、工人农民、青年妇女等部及秘书处各机构。胡汉民、汪精卫、于右任、叶楚伧等国民党人分别担任各部部长。毛泽东代理秘书处文书科主任职务和担任组织部秘书职务。同他一起在上海执行部工作的共产党员还有瞿秋白、邓中夏、恽代英、向警予、罗章龙、邵力子等。当时上海社会传称环龙路４４号为“国共群英会”。
执行部正式办公后，作为文书科代理主任和组织部秘书的毛泽东，工作是相当紧张而繁忙的。３月２０日，第4次执委会议决议：“执行部对于管辖范围内‘工人’‘农民’‘妇女’‘青年’‘平民教育’各种运动及‘宣传’‘组织’‘调查’各种工作均应有一详细计划，决定由各部及平民教育运动委员会拟写草案，交秘书处审查整理提出，执行委员会议议决，使各种工作进行有所遵循。”毛泽东的工作量由此可见一斑。他一方面要做大量的文字工作，如起草执行部办事通则；审查整理各部的工作计划，提交给执委会议议决；经常参加执委会会议，担任记录。另一方面负责国民党的组织整顿工作，如对国民党员的重新登记；向广州黄埔军校输送学员等等。
毛泽东终日辛劳着，由于国民党原来只是一个烂摊子，一些老官僚、守旧分子只知饱食终日，根本反对共产党的革命主张，所以，在执行部内，左右派斗争相当激烈。为了推进工作的开展，毛泽东同其他共产党员一道，团结国民党左派人士，同国民党右派展开了激烈而又复杂的斗争。
上海执行部成立后，首先开展了党员重新登记工作。针对改组前国民党组织极端涣散的状况，执行部发出通告，要求对老党员重新登记，对各地的党组织进行调查；并对党员重新登记的步骤、办法和手续等，作了新的规定。同时还规定，凡是国民党老党员都要进行重新登记谈话，每人必须填一张表，经审查同意后，方能成为改组的的国民党党员。这项工作是由毛泽东具体负责的。在党员登记过程中，国民党右派千方百计进行捣乱，破坏这一工作的正常开展。国民党“元老”谢持自恃辛亥革命后担任过四川省省长，跑到执行部大喊大叫说：“我是谢持，谁管填表工作的？我从同盟会开始，革命几十年还要填表？我不登记！”毛泽东义正严词地回答说：“不来登记，就丧失党籍，必须维护革命纪律，没有纪律，就无法革命。”一句话说得谢持无言以对，只好愤愤而去。后来，毛泽东让人给谢持送去一张表，并进行了说服解释工作，给了他一个台阶下，使他不得不重新登记。
在党员登记工作取得一定成效的基础上，执行部准备召开会议，成立上海第4区国民党党部。第4区是环龙路所在的法租界地区，有许多下野的国民党政客住在那里，大约有千余人。在党员登记工作中，毛泽东具体负责对他们进行审查工作。审查后，对合格者发了党证，同时还清洗了很多不合格的党员。在召开成立第四区国民党党部大会时，左右派斗争表面化了。会前，右派进行了秘密的策划，企图通过软硬两种手法，争夺区党部的领导权。一是合法的争取领导权，请孙中山出来说话；二是纠集一些流氓，对会场进行破坏。当孙中山没有出面为他们说话时，他们就决定孤注一掷，采取第二种强硬的手法进行破坏了。毛泽东、王荷波等同志得知这一情况后，认为会一定要开好。经过同左派商量，决定执行部的全体共产党员、团员及同情的左派都要出席会议。同时又成立了一支由王荷波领导组织的工人纠察队，从会场门口到主席台都设立了岗哨，加强了警戒，控制了整个会场。当右派干扰会场，进行捣乱时，及时地得到了制止，使他们的阴谋未能得逞，从而保证了会议的顺利进行。
在同执行部右派进行斗争中，毛泽东特别是对叶楚伧的分裂行为进行了坚决的揭露。叶楚伧是上海执行部常务委员之一，也是实权派。自６月戴季陶来执行部后，叶联合右派分子反对中共更加有恃无恐。８月１日，叶楚伧操纵右派分子喻育之、曾贯五在上海南方大学召集上海市各区党部会议，大肆攻击共产党破坏国民党，叫嚷要对共产党员“严肃处理”。参加会议的共产党员和左派与之进行说理斗争，双方发生冲突。第二天，右派分子又去上海执行部无理取闹，致使邵力子被打伤。事件发生后，毛泽东对叶楚伧等右派分子的嚣张气焰，十分气愤，于是，由他领衔，恽代英、施存统、邓中夏、沈泽民、韩觉民、王基永、杨之华、李成、刘伯伦等联名上书孙中山，控告叶楚伧“迹近纵容”的反共分裂行径。对毛泽东针锋相对的揭露，叶楚伧恨之入骨，但碍于毛是一个候补执委，又奈何不得。
上海执行部在以叶楚伧、戴季陶为首的右派分子的操纵破坏下，正常工作受到很大影响，许多共产党员相继离开。毛泽东对此状况甚为焦急，于１１月１７日，在孙中山应冯玉祥邀请北上和谈路经上海时，向他面呈了包括毛泽东在内的１４人致孙中山的信。信中说：“上海执行部自８月起经费即未能照发，近来内部更无负责之人，一切事务几乎停顿，职员等薪金积压四月之久，拮据困苦不言可知。务乞总理迅派负责专员进行部务，并设法筹款，清理欠薪，实为公便。”这封信以比较委婉的形式向孙中山揭露了戴季陶、叶楚伧等右派分子破坏国共合作的错误。
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